27 maja 2016 roku oficjalna strona internetowa klubu poinformowała, że José Mourinho objął stanowisko menedżera pierwszej drużyny Manchesteru United. Pierwszym transferem nowego trenera był pozyskany z Villarreal, Eric Bailly. Następnie zakontraktowani zostali Zlatan Ibrahimović, Henrich Mychitarian oraz Paul Pogba. W roli szkoleniowca Portugalczyk zadebiutował 16 lipca 2016 roku w wygranym 2:0 towarzyskim meczu z Wigan Athletic. Swój pierwszy sezon rozpoczął od zwycięstwa w meczu o Tarczę Wspólnoty na Wembley – 2:1 z mistrzem Anglii Leicester City. Podopieczni Mourinho ponownie wystąpili w Londynie 26 lutego 2017 roku, w finale Pucharu Ligi, w którym okazali się lepsi od Southampton, wygrywając 3:2. Rozgrywki o Puchar Anglii zakończyli na ćwierćfinale, przegrywając z Chelsea 0:1. Na zakończenie sezonu ligowego klub z Old Trafford uplasował się na szóstej pozycji. 24 maja 2017 roku Manchester United pokonał AFC Ajax 2:0 w finale Ligi Europy, zdobywając trofeum po raz pierwszy w swojej historii.
